Φυκοκυανίνηείναι μια σκούρα μπλε σκόνη που απομονώνεται από τη σπιρουλίνα. Κυρίως υπάρχει στα κυανοβακτήρια, στα κόκκινα φύκια και στα κρυπτοφυτά. Η φυκοκυανίνη συνήθως διαιρείται επίσης σε C-φυκοκυανίνη και R-φυκοκυανίνη. Το πρώτο βρίσκεται κυρίως στα κυανοβακτήρια, το δεύτερο βρίσκεται κυρίως στα κόκκινα φύκια και τα cryptophycos έχουν και τα δύο. Η λειτουργία του είναι να απορροφά ενέργεια φωτός (πορτοκαλί-κίτρινο) και να μεταδίδει ενέργεια φωτός. Δεν είναι μόνο ένα είδος πρωτεΐνης, αλλά και ένα εξαιρετικό φυσικό χρωματικό φαγητό και ταυτόχρονα ένα καλό φαγητό για την υγεία.
Η φυκοκυανίνη είναι μια από τις σπάνιες χρωστικές πρωτεΐνες στη φύση. Δεν έχει μόνο φωτεινό χρώμα, αλλά και μια πλούσια σε θρεπτικά συστατικά πρωτεΐνη με πλήρη σύνθεση αμινοξέων και υψηλή περιεκτικότητα σε αμινοξέα. Η φυκοκυανίνη χρησιμοποιείται ευρέως ως υψηλής ποιότητας φυσική χρωστική ουσία στα τρόφιμα και στα καλλυντικά.